Mondes américains a pour vocation de développer un programme de recherches transaméricaines. Trois priorités méthodologiques ont été définies : 

• l’interdisciplinarité entre anthropologie et histoire ;
• le comparatisme entre les différentes sociétés américaines aux périodes moderne et contemporaine, ainsi qu’entre les Amériques et le reste du monde ;
• la réflexivité par rapport aux catégories et aux échelles d’analyse, du local au global, en passant par l’hémisphérique et l’atlantique.

Afin de mettre en œuvre ces choix méthodologiques et ces transversalités en termes de disciplines, domaines et périodes, le laboratoire a choisi d’organiser son programme de recherches sous la forme de trois axes qui coordonnent tant les enquêtes collectives que les projets plus individuels de l’ensemble des chercheurs.